• Szwecja

Lara Croft odnalazła zaginioną XIII-wieczną księgę Ezechiela, napisaną przez tajemniczego, średniowiecznego uczonego. Pismo to zaintrygowało Larę, ponieważ mówiło o Magii. Bohaterka chcąc się dowiedzieć czy Magia rzeczywiście istnieje zaczęła rozszyfrowywać zakodowaną Księgę. Odkryła, że wspomniany jest w niej Czarny Kamień, artefakt, który leży gdzieś w Szwecji, w miejscu, które zostało nazwane Wierzchołkiem Wilczych Kłów. Bohaterka rusza w Góry Skandynawskie, do Szwecji. Musi odnaleźć grobowiec króla Wikingów, Heorta, w którym podobno znajduje się Czarny Kamień. Na swej drodze spotyka wiele lodowych jaskiń, a także drapieżne wilki. Wreszcie dociera do grobowca króla. Na miejscu spotyka dziwnego ducha, czarnoksiężnika, należącego do bractwa Teg-Du-Bhorez. Po pokonaniu przeciwnika Lara odkrywa, że grobowiec Heorta jest pusty. Nigdzie nie ma Czarnego Kamienia, na sarkofagu widnieją tylko jakieś tajemnicze symbole. Lara powróciła do Surrey w Anglii, do swojej posiadłości Croft Manor. Symbole, które Lara znalazła w grobowcu króla Heorta pozwoliły jej na dalsze zbadanie Księgi Ezechiela. Najwyraźniej król Wikingów użył w tajemnicy Kamienia do panowania nad swoim królestwem. Przetłumaczenie tych symboli było trudnym zadaniem, ale Lara ostatecznie odkryła ich nowe znaczenie. Zgodnie z najnowszym odszyfrowanym rozdziałem książki, istnieją jeszcze dwa inne magiczne Kamienie, jeden z nich jest ukryty w świątynnym kompleksie Angkor Wat w Kambodży. Bez dalszej zwłoki Lara podążyła do Kambodży by odnaleźć Kamień.

• Kambodża

Bohaterka dotarła do Angkor Wat. Jej zadaniem jest odnalezienie grobowca króla Surya Varmana II, władcy Khmerów. Na swej drodze spotyka dzikie wilki, duchy oraz waleczne kościotrupy. W pewnym momencie Croft podsłuchała rozmowę kilku czarnoksiężników. Rozmawiali o Czarnym Kamieniu, i o tym, że to tylko kwestia czasu zanim Lara dowie się o istnieniu Czerwonego. Okazało się, że czarownicy należą do tajemnego bractwa Teg-Du-Bhorez, które potrzebuje trzech Magicznych Kamieni, by doprowadzić do pewnego końcowego rytuału. Lara wyruszyła w dalszą wędrówkę. Odnalazła miejsce gdzie spoczywał Czarny Kamień, czyli miejsce do którego przetransportowano w dawnych czasach ten artefakt ze Szwecji. Następnie stoczyła walkę z braćmi Teg-Du-Bhorez, po czym odnalazła grobowiec króla Surya Varmana II. W środku znajdował się Czerwony Kamień. Bohaterka ponownie powróciła do Croft Manor by dokładnie przeanalizować encyklopedie oraz Księgę Ezechiela w celu odszukania miejsca, w którym znajduje się trzeci Kamień. Lara spędziła wiele godzin na odszyfrowywaniu Księgi. Zrozumiała, że opisuje ona Proroctwo Magii. Mówi ono o tym, że trzy magiczne Kamienie pomogły wielkim wodzom: Heortowi, królowi Wikingów; Surya Varmanowi II, królowi Kambodży i Markowi Aureliuszowi, cesarzowi Rzymu. Nie mając czasu na dokładną analizę Proroctwa, Lara ruszyła na wyspę Lakonię na południu Włoch, gdzie powinien być ostatni Kamień.

• Włochy

Po dotarciu do rzymskiej Willi, miss Croft napotkała na kolejne wilki, kościotrupy, duchy i kolejnych czarowników Teg-Du-Bhorez. Lara podsłuchała ponownie rozmowę bractwa, z której wynikało, że Teg-Du-Bhorez wysłało swoich ludzi do Croft Manor, w celu przeszukania posiadłości i odnalezienia Kamieni. Lara na szczęście Kamienie miała cały czas przy sobie. Natomiast ostatni Kamień jest ukryty gdzieś w tej wielkiej Willi. Księga mówiła, że prawdziwe ciało cesarza Marka Aureliusza zostało pochowane właśnie tutaj, a nie w Rzymie. Wreszcie Lara odnalazła grobowiec cesarza oraz ostatni, Biały Kamień. Po pokonaniu czarowników, ich przywódca, Biały Duch powiedział do panny Croft, że może zatrzymać trzy Kamienie. Bractwo odbierze swoją własność gdy kiedyś Lara umrze. Tak czy siak, Proroctwo zostanie dokończone, Trzecie Zebranie odbędzie się teraz czy za kilkadziesiąt lat. Następnie Lara wróciła do Croft Manor, do swojej biblioteki z zamiarem znalezienia głównej siedziby bractwa Teg-Du-Bhorez. Nie może dopuścić by bractwo nadal istniało, w przeciwnym razie to tylko kwestia czasu zanim zdobędą Kamienie. Ostatecznie udało się pannie Croft odszyfrować całe Proroctwo Księgi Ezechiela. Brzmiało ono: „ Pierwsze Zebranie dało ludziom życie. Drugie dało ludziom zbawienie. Trzecie będzie końcem ludzkości”. Przez wieki Magiczne Kamienie były chronione przez Tajne Bractwo Teg-Du-Bhorez. Zgodnie z Proroctwem z Księgi Ezechiela, Teg-Du-Bhorez obudzą swoją panią - Wielką Szarą Boginię i wówczas zacznie się Apokalipsa - koniec ludzkości.

• Rumunia

Lara rozszyfrowała kolejne rozdziały Księgi, z których wynikało, że główna siedziba Teg-Du-Bhorez znajduje się w Rumunii, w starej zamkowej twierdzy. Ruszyła tym tropem, napotykając po drodze na szkielety, duchy i inne zjawy. Przechodząc przez kolejne zamkowe komnaty, Croft natrafiła na Białego Ducha, przywódcę bractwa. Po wygranej walce bohaterka ruszyła do komnaty, w której znajdowała się uśpiona Wielka Szara Bogini. Ta zjawa o złotych włosach i czterech ramionach została przebudzona przez Larę przy pomocy trzech Kamieni. Wówczas bohaterka postanowiła raz na zawsze rozprawić się z Boginią, mającą doprowadzić do Apokalipsy. Pokonawszy Wielką Szarą Boginię i tajemne stowarzyszenie Teg-Du-Bhorez, Lara Croft po raz kolejny uratowała świat. Proroctwo Księgi Ezechiela kończy się opisem ocalenia ludzkości od przedwczesnego, niechcianego końca przez tajemniczą kobietę...