Moskwa – intro

Do Lary zadzwonił jej przyjaciel, dr Igor Bowmane, pracownik moskiewskiej biblioteki badaczy starożytności. W starych księgach odnalazł pradawny, inkaski manuskrypt. Lara przebyła do Moskwy na spotkanie z naukowcem. Obejrzała manuskrypt, na którym widniał rysunek jakiegoś potężnego artefaktu. Igor opowiedział Larze o tym przedmiocie. Około tysiąc lat temu w Środkowej Ameryce rządził zły król Quaxet. Sprawował władzę nad Inkami, Aztekami i Majami. Król zabił tysiące ludzi jako ofiarę dla złego boga. Przez prawie 40 lat Quaxet kontynuował terror, aż do momentu gdy najwyżsi kapłani trzech cywilizacji postanowili się go pozbyć. Zabili Quaxeta i zamknęli go w widniejącym na manuskrypcie krysztale nazwanym „Kamieniem Koszmarów”. Kamień został ukryty w obelisku, znajdującym się w jednej ze świątyń, która dopiero niedawno została odnaleziona w dżungli amazońskiej w Peru. Przyjaciel Igora, Illiat prowadzi tam ekspedycję. Spotka się z Larą w obozowisku koło świątyni. Igor jest zaniepokojony faktem, iż kilku podejrzanych ludzi interesuje się manuskryptem. Prosi więc Larę o jak najszybsze odnalezienie Kamienia.

Peru - intro

Lara leci samolotem z Moskwy do Peru. Odnajduje obóz koło piramidy schodkowej, czyli miejsce, w którym miała się spotkać z Illiatem. Niestety obozowisko zostało opuszczone, wszędzie widać było ślady walki. Trop prowadzi do wnętrza świątyni…

- Temple

Lara podąża w głąb świątyni. Na swej drodze spotyka węże i nietoperze. Wreszcie dociera do tajemniczego ołtarza, kryjącego w sobie Kamień Koszmarów. Lara niechcący dotyka rzeźby i w ten sposób budzi uśpionych strażników piramidy. Zauważa także cztery sloty na klucze, które widnieją na ołtarzu. Następnie promień niebieskiej energii poraził bohaterkę. Lara straciła przytomność, obudziła się jakiś czas później. Zauważyła ślady krwi na posadzce i postanowiła podążać tym tropem. Następnie Croft omija kolejne pułapki oraz szuka trzech kolorowych kamieni, które uruchamiają mechanizm, działający w ten sposób, że głazy spadają na szklaną kopułę chroniącą pierwszy klucz do ołtarza. Gdy szklana powłoka została zbita, Lara zabiera stamtąd przedmiot.

- Royal Tombs

Panna Croft dotarła do królewskich grobowców. Walczy z przebudzonymi strażnikami – szkieletami i mumiami. Nagle zauważa rannego Illiata, którego atakuje jedna z mumii. Zabija ją, a następnie klęka koło mężczyzny. Illiat tłumaczy Larze, że przez to, iż dotknęła ołtarza, obudziła uśpionych strażników. Opowiedział także o tym jak został napadnięty i torturowany przez najemników, którzy chcą zdobyć Kamień Koszmarów. Na szczęście mężczyzna przekazał im tylko część mapy. Bez pozostałej części nigdy nie dotrą do ostatniego przedmiotu – kryształu, który jest potrzebny do aktywowania ołtarza, kryjącego Kamień Koszmarów. Ostatni klucz jest strzeżony przez wielkiego Strażnika Węża. Następnie Illiat przekazuje Larze brakującą części mapy, prosi ją o odnalezienie pozostałych trzech kluczy i kryształu oraz o zniszczenie Kamienia Koszmarów, ponieważ jest zbyt niebezpieczny. Następnie mężczyzna umiera. Panna Croft przemierza kolejne tunele, aż wreszcie dociera do sarkofagu, w którym znajduje się drugi klucz do ołtarza.

- Treasure Chambers

Lara dociera do królewskiego skarbca. Wszędzie wokół widnieją złote monety, pozłacane ściany. Podążając kolejnymi korytarzami bohaterka natrafia na poszukiwacza skarbów. Pyta go jak dostać się do komnat w głębi piramidy. Mężczyzna odpowiada, że znajduje się tutaj komnata ze statuetką słońca i księżyca. Należy umieścić amulety w statuetkach, by kontynuować poszukiwania. Lara wkrótce odnajduje wspomniane amulety, przechodzi do kolejnych komnat, a następnie zdobywa klucz, który uaktywnia światło przechodzące przez zespół soczewek. W ostateczności światło odbite od soczewek niszczy powłokę ochronną zabezpieczającą trzeci klucz do ołtarza. Wkrótce Croft dociera do podziemnej groty.

- Caverns

Lara przemierza podziemne jaskinie, gdzie aż roi się od pułapek i przeciwników. Wszędzie dookoła tylko skały, stalaktyty, stalagmity i… lawa. Bohaterka walczy m.in. z nietoperzami, węgorzami elektrycznymi, piraniami i najemnikami, którzy chcą zdobyć Kamień Koszmarów. Po drodze tradycyjnie zbiera masę klucze i otwiera drzwi.

- Volcanic Temple

Lara dotarła do podziemnej, wulkanicznej świątyni. Wreszcie odnalazła czwarty klucz do ołtarza, a następnie wielkiego Strażnika Węża. Przeciwnik był bardzo trudny do pokonania, ale Lara oczywiście była silniejsza. Martwy Strażnik pilnował pięknego kryształu. Croft zabrała przedmiot i powróciła na górę świątyni, gdzie znajdował się ołtarz. Bohaterka umieściła cztery klucze i kryształ w odpowiednim miejscu, po czym wyjęła z ołtarza Kamień Koszmarów. Postanowiła wrzucić artefakt do lawy. Ogromna moc Kamienia spowodowała wstrząsy w całej świątyni. Uśpiony wulkan został przebudzony. Wyjście zostało zablokowane, więc Lara wyruszyła na poszukiwanie innej drogi powrotnej. Wreszcie dotarła na szczyt piramidy schodkowej. Szybko wbiegła do dżungli będąc świadkiem wybuchu podziemnego wulkanu. Cały obszar wokół świątyni został zalany lawą. Panna Croft zdołała uciec trzymając w ręku piękny, zielony kryształ, który znalazła w podziemnej świątyni. To jedyna pamiątka z tej wyprawy. Moc drzemiąca w Kamieniu Koszmarów została na zawsze zniszczona w wulkanicznej lawie.